口腔醫學研究所于2012年建立，前身為2002年創建的口腔材料實驗室和口腔正畸實驗室?，F有科研人員近30人，其中碩士及博士人員比例達80%。特聘張志愿院士為研究所所長，李校堃院士為科研協作中心主任。目前研究所設置了口腔生物材料實驗室、陶瓷與生物力學實驗室、口腔細胞生物學實驗室、口腔分子生物學實驗室、細菌實驗室。已擁有相對獨立的科研用房近1600平方米，科研儀器設備總值1000萬元。

口腔醫學研究所主要研究方向為口腔頜面部組織再生基礎及缺損修復新技術；口腔炎癥性疾病發病機制及防治新技術；口腔頜面部發育及畸形發生機理和防治新技術。近五年承擔中國家自然科學基金37項，省級科研課題37項, 累計科研經費超3000萬元；在國內外核心期刊上發表論文280余篇，其中176篇論文被SCI收錄，2篇分別被口腔正畸權威雜志Am J Orthod Dentofac及口腔醫學Top期刊J Clin Periodontol引用為封面文章；共出版學術專著6部；獲授權專利26項；轉化應用2項；榮獲浙江省科學技術進步獎三等獎3項，浙江省醫藥衛生科技二等獎2項。同時積極拓展與國內外交流與合作，到目前為止，已與美國太平洋大學、美國羅瑪琳達大學、荷蘭阿姆斯特丹大學、澳大利亞詹姆斯庫克大學及加拿大阿爾伯塔大學等建立長期合作關系。